Ressources, pipelines, bases de référence

Diatomées :
- Protocole de prélèvement
  - https://www.youtube.com/watch?v=Y_3YaOc6WWo
  - River biofilms sampling for both downstream DNA analysis and microscopic counts V.1. Frederic Rimet, Marine Vautier, Rainer Kurmayer, Nico Salmaso, Camilla Capelli, Agnès Bouchez, Peter Hufnagl, Isabelle Domaizon : https://www.protocols.io/view/river-biofilms-sampling-for-both-downstream-dna-an-ben6jdhe
- Extraction :
  - DNA extraction from environmental biofilm using the NucleoSpin® Soil kit (MACHEREY-NAGEL). Marine Vautier, Valentin Vasselon, Cecile Chardon, Frédéric Rimet, Agnès Bouchez, Isabelle Domaizon : https://www.protocols.io/view/dna-extraction-from-environmental-biofilm-using-th-bd52i88e
- Protocole de préparation des librairies
  - Diatom DNA library preparation for Illumina Miseq Sequencing using the rbcL marker gene. Cecile Chardon,Valentin Vasselon,Marine Vautier,Sonia Lacroix,Agnès Bouchez,Frédéric Rimet,Isabelle Domaizon : https://www.protocols.io/view/diatom-dna-library-preparation-for-illumina-miseq-bd94i98w
- base de référence Diat.barcode : https://www6.inrae.fr/carrtel-collection/Barcoding-database
  - Pipeline DADA2 :
    - https://www6.inrae.fr/carrtel-collection/Barcoding-database/Aligned-and-trimed-database
    - https://github.com/fkeck/DADA2_diatoms_pipeline
  - Pipeline MOTHUR :
    - https://www6.inrae.fr/carrtel-collection/Barcoding-database/Aligned-and-trimed-database
Phytoplancton :
- Protocole de prélèvement
  - Lake plankton sample collection from the field for downstream molecular analysis, Isabelle Domaizon,Rainer Kurmayer,Camilla Capelli,Cécile Chardon,Peter Hufnagl,Marine Vautier,Nico Salmaso : https://www.protocols.io/view/lake-plankton-sample-collection-from-the-field-for-xn6fmhe/metadata
  - Video prélèvement (A. Canino) https://youtu.be/x_t0-063Qno
- Plankton DNA extraction from Sterivex filter units
  - https://www.protocols.io/view/plankton-dna-extraction-from-sterivex-filter-units-bvgzn3x6
Poisson :
- Video of fish eDNA sampling with Waterra
  - https://www.youtube.com/watch?v=KbE-IajR-ck
- Fish eDNA: water sampling and filtration through Sterivex filter unit
  - https://www.protocols.io/view/fish-edna-water-sampling-and-filtration-through-st-br5rm856
- Fish eDNA: DNA extraction from water samples filtered through Sterivex filter unit and preserved in buffer:
  - https://www.protocols.io/view/fish-edna-dna-extraction-from-water-samples-filter-bfk8jkzw

Date de modification : 30 août 2023 | Date de création : 01 février 2021 | Rédaction : F Rimet

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